Para su tamaño, Guinea Ecuatorial posee una destacada biodiversidad tanto en Mbini, su zona continental, como en sus dos islas principales, Pigalu y Bioko. Guinea Ecuatorial continental está cubierta por densos bosques tropicales explotados por la industria maderera. Contienen más de 140 especies de madera, de las cuales las más importantes comercialmente son el okumé (Aucoumea klaineana), el nogal africano, y varios tipos de caoba. Esto ha atraído a la industria maderera, que ha sido la principal responsable del grave proceso de deforestación que afecta especialmente a la región costera de Mbini. Muchas de las regiones interiores inaccesibles del país todavía no han sido tocadas, pero la deforestación cerca de la costa ha llevado a las compañías madereras españolas, y más recientemente asiáticas, a aventurarse más hacia el interior del país.
Los principales ingresos de divisas del país provienen de la exportación de petróleo, madera, cacao y café. Hasta la independencia en 1968, el modelo económico colonial estaba basado en el cultivo de cacao, que introdujo una transformación radical en el paisaje del país, especialmente en Bioko. Se descubrió petróleo cerca de la costa norte de Bioko en 1981, y la producción comenzó en 1992. Hacia mediados de los años 90, las exportaciones petroleras representaban más de la mitad de los ingresos de divisas del país. El café se cultiva principalmente a lo largo de la frontera con Camerún.
La isla de Bioko, ubicada en el Golfo de Guinea frente a la costa de Camerún, fue un centro estratégico y comercial para los conquistadores portugueses y españoles durante el siglo XVIII. Las descripciones de los viajeros y geógrafos que visitaron la isla muestran su sorpresa y admiración por la riqueza de flora y fauna del lugar. Estudios más recientes confirman la existencia de altos niveles de biodiversidad y endemismo en Bioko. Sólo entre 1991 y 1992, más de cien nuevas especies vegetales fueron descritas por primera vez por la ciencia. Se registró la presencia de una especie endémica y 46 subespecies endémicas de pájaros, así como diez especies con distribución restringida en el continente africano.
El gobierno de Guinea Ecuatorial ha prohibido recientemente la tala de árboles en Bioko. Según el Viceministro de Recursos Hídricos, Bosques y Medio Ambiente, Joaquin Mecheba Ivina, la medida apunta a proteger los bosques contra la “explotación abusiva a la que la someten los aserraderos”. En 1990 se prohibió a las compañías madereras realizar actividades en Bioko, pero a partir de entonces han sido sustituidas por pequeños aserraderos cuya actividad se considera una amenaza para los bosques.
Sin embargo, no se han tomado medidas similares en el continente. Por el contrario, la explotación forestal sigue creciendo. Desde 1993 a 1997 las concesiones forestales aumentaron de 600.000 a 1.500.000 hectáreas, lo que significa que todos los bosques comercialmente productivos del país están bajo concesión. Al mismo tiempo, ha habido cambios en los actores transnacionales involucrados y en el destino de las exportaciones. En 1993, la mayor parte de las exportaciones de madera fue a Japón, seguido por España, Turquía y Portugal. Cuatro años más tarde, en 1997, el 55% de la madera exportada fue a China, el 20% a Japón y sólo el 5% a España.
El rápido crecimiento del sector forestal de Guinea Ecuatorial se considera no sustentable y causante de impactos ambientales devastadores sobre los cursos de agua y las áreas costeras. Según una evaluación del Fondo Monetario Internacional, a la velocidad de explotación actual, los recursos forestales estarán agotados en el año 2012.
Dentro de ese contexto, la prohibición del madereo en Bioko, que representa apenas el 7% de la superficie
total del país, parece ser una medida totalmente insuficiente para enfrentar el problema real de deforestación producido por el comercio internacional.